為確保糧食安全的物質基礎，加強基本農田保護，國家將在公共財政、新增建設用地土地有償使用費和土地出讓金基礎上建立穩定的基本農田建設集中投入制度。
國土資源部有關負責人3日在解讀《全國土地利用總體規劃綱要(2006——2020年)》加強基本農田保護方面的新舉措時表示，基本農田是耕地中的精華，全國現有基本農田幾乎承擔了全部的糧食生產任務。《綱要》對基本農田質量首次提出定量化的劃定依據和考核標準，對非農建設確需占用基本農田的提出“先補后占”原則，與此同時確定了國家加強基本農田建設的集中投入制度。
國家基本農田建設集中投入制度具體包括三個層面：一是要加大公共財政對糧食主產區（主產縣）和主要農業生產基地基本農田保護區建設扶持力度。二是在充分用好新增建設用地土地有償使用費和土地出讓金基礎上，爭取政府支持，多層次多渠道籌集資金，與農業綜合開發、耕地質量建設、農田林網建設等相結合，爭取各類農業和水利建設資金，按照地方政府統一規劃、分步實施、部門管理、項目運作原則，向基本農田保護區傾斜。三是制定扶持政策，積極鼓勵農民自愿出資出勞，建設高標準基本農田。
據介紹，我國現有基本農田中，中低產田約占七成，基本農田利用不充分，農田基礎設施條件較差。由于保護責任未完全落實，管理制度和手段不完善，利益機制不健全，直接影響到地方政府履行責任和廣大農民保護基本農田的積極性。在國家用于反哺農業、反哺土地的資金越來越充足情況下，《綱要》提出健全基本農田保護的經濟激勵和制約機制，加大非農建設占用耕地特別是基本農田的成本，加大對耕地特別是基本農田保護財政補貼力度，將耕地保有量和基本農田保護面積作為國家確定一般性財政轉移支付規模的重要依據，實行保護責任與財政補貼相掛鉤。同時探索建立耕地保護基金，落實對農戶保護耕地的直接補貼，充分調動農民保護耕地的積極性。